يقوم برنامج سيتا لدراسات الأمن بالتركيز على موضوعات الإرهاب، الدفاع، التسليح، تغير طبيعة الحروب، التطرف وأمن الحدود وعمل أبحاث حولها مواكبا للتطورات والاتجاهات الحديثة على المستويات المحلية والوطنية والإقليمية والعالمية. كما يعمل برنامج الأمن الذي يخصص جزء مهما من وقته وعمله لإجراء دراسات ميدانية، على سد الفجوة بين الوسط الأكاديمي وصناع القرار كما يعمل على إنتاج حلول لمشاكل التهديدات الأمنية التي تزداد بشكل مضطرد في محيط تركيا.